機龍の修復に携わる整備士の中條は、インファント島の小美人から「ゴジラの骨を海に返してください」という謎の言葉を聞かされる。一方、東京ではゴジラが上陸。中條の甥・瞬は43年前の話をもとにモスラを呼ぼうとするが…。